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Mi-temps thérapeutique : Traitement en paie

Conditions, cumul salaire et IJSS, formalités... Comment traiter un mi-temps thérapeutique sur le bulletin de paie.

19 décembre 2025
11 min de lecture
Par Rose Yemeli
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Introduction : Comprendre le mi-temps thérapeutique

Le temps partiel thérapeutique, souvent appelé à tort "mi-temps thérapeutique", est un dispositif clé permettant à un salarié de reprendre progressivement son activité professionnelle après un arrêt de travail pour maladie ou accident. Loin d'être un simple aménagement d'horaires, il s'agit d'une mesure médicale prescrite, encadrée par le Code de la Sécurité sociale, visant à favoriser la réadaptation du salarié tout en maintenant un lien avec l'entreprise. Pour le gestionnaire de paie, son traitement présente des spécificités qu'il est crucial de maîtriser pour garantir la conformité du bulletin de salaire et la juste rémunération du collaborateur.

Le saviez-vous ? Le terme "mi-temps" est réducteur. Le temps de travail peut être aménagé de manière très flexible (par exemple, 60% ou 80%) et évoluer dans le temps, en fonction de l'état de santé du salarié.

Section 1 : Conditions de mise en place et formalisme

La mise en place d'un temps partiel thérapeutique (TPT) ne s'improvise pas. Elle est soumise à des conditions strictes et à un formalisme précis impliquant le salarié, le médecin traitant, la Caisse Primaire d'Assurance Maladie (CPAM) et l'employeur.

1.1. Conditions d'éligibilité

Pour qu'un TPT soit prescrit, deux conditions principales doivent être remplies :

  • Le TPT doit être précédé d'un arrêt de travail à temps complet indemnisé par la Sécurité sociale.
  • La reprise du travail à temps partiel doit être reconnue comme étant de nature à favoriser l'amélioration de l'état de santé du salarié, ou le salarié doit faire l'objet d'une rééducation ou d'une réadaptation professionnelle pour recouvrer un emploi compatible avec son état de santé.

Point de vigilance : L'employeur ne peut pas imposer un temps partiel thérapeutique. Il peut cependant le refuser, mais uniquement pour un motif légitime lié à l'organisation de l'entreprise (ex: impossibilité d'aménager le poste). Ce refus doit être justifié et notifié au salarié.

1.2. Les étapes clés

  1. Prescription médicale : Le médecin traitant prescrit le TPT sur un formulaire d'avis d'arrêt de travail, en cochant la case "reprise à temps partiel pour motif thérapeutique".
  2. Accord de la CPAM : Le salarié envoie les volets 1 et 2 à sa CPAM. Le médecin-conseil de la CPAM donne son accord sur le principe et les modalités du TPT.
  3. Accord de l'employeur : Le salarié remet le volet 3 à son employeur, qui doit donner son accord sur le principe et les modalités d'organisation (répartition des heures, etc.).
  4. Avenant au contrat de travail : Un avenant temporaire au contrat de travail est fortement recommandé pour formaliser l'accord (durée, taux d'activité, répartition des horaires, rémunération).

Section 2 : Le traitement en paie du mi-temps thérapeutique

La complexité du TPT en paie réside dans la double source de revenus du salarié : une partie de salaire versée par l'employeur et des Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS) versées par la CPAM. L'objectif est de garantir au salarié un revenu global proche de son salaire habituel.

2.1. Le salaire versé par l'employeur

L'employeur verse un salaire qui correspond uniquement aux heures de travail effectuées. Le calcul est proratisé en fonction du taux d'activité.

Salaire brut mensuel (part employeur) = Salaire brut de base à temps plein × (Nombre d'heures travaillées / Durée légale ou conventionnelle du travail)

2.2. Les Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS)

La CPAM verse des IJSS pour compenser la perte de salaire due à la réduction du temps de travail. Le calcul de ces indemnités est spécifique et ne doit pas être confondu avec celui des IJSS d'un arrêt maladie classique.

Le montant des IJSS vise à combler la différence entre le salaire que le salarié aurait perçu à temps plein et le salaire qu'il perçoit à temps partiel, dans la limite du salaire de base ayant servi au calcul des IJ de l'arrêt initial.

Montant de l'IJSS TPT = Perte de salaire journalière due au TPT

Perte de salaire = Salaire brut rétabli (temps plein) - Salaire brut soumis à cotisations (temps partiel)

Alerte calcul : Le cumul du salaire à temps partiel et des IJSS ne peut en aucun cas dépasser le salaire net qu'aurait perçu le salarié en travaillant à temps plein. La CPAM effectue une régularisation si nécessaire.

2.3. Exemple chiffré

Prenons le cas d'un salarié avec un salaire brut mensuel de 3 000 € pour 151,67 heures (temps plein). Il reprend à 50% en TPT.

Élément Calcul Montant
Salaire brut à temps partiel (50%) 3 000 € × 50% 1 500 €
Perte de salaire brute 3 000 € - 1 500 € 1 500 €
Montant des IJSS brutes (estimation) La CPAM verse des IJ pour compenser cette perte ~1 500 € (brut théorique)
Revenu brut global 1 500 € + 1 500 € ~3 000 €

Note : Le montant des IJSS est soumis à la CSG (6,2%) et à la CRDS (0,5%).

Section 3 : Impact sur le bulletin de paie

La présentation du bulletin de paie en TPT doit être transparente et claire. Il est recommandé de faire apparaître distinctement la période de TPT.

3.1. La ligne d'absence

Une ligne d'absence doit être créée pour matérialiser les heures non travaillées. La méthode de valorisation de cette absence est celle de l'"absence non rémunérée".

Bonne pratique : Libellez clairement cette absence, par exemple "Absence pour temps partiel thérapeutique", pour éviter toute confusion avec un arrêt maladie classique.

3.2. Maintien de salaire et subrogation

En principe, il n'y a pas de maintien de salaire par l'employeur au sens strict, car le salarié n'est plus en arrêt maladie mais en reprise de travail. L'employeur paie les heures travaillées, la CPAM indemnise les heures non travaillées.

Toutefois, si l'employeur pratique la subrogation (c'est-à-dire qu'il avance les IJSS au salarié et les perçoit directement de la CPAM), il doit faire apparaître ces montants sur le bulletin :

  • En haut du bulletin (brut) : le montant des IJSS brutes.
  • En bas du bulletin (net) : le montant des IJSS nettes à déduire, car elles sont versées directement au salarié par l'employeur.

Section 4 : Obligations de l'employeur et conseils d'expert

4.1. L'attestation de salaire

Pour chaque période de paie concernée par le TPT, l'employeur doit établir une attestation de salaire via la DSN (Déclaration Sociale Nominative) ou le service en ligne de la CPAM. Cette attestation mentionne :

  • Le salaire brut réellement perçu par le salarié sur la période.
  • Le salaire brut qu'aurait perçu le salarié s'il avait travaillé à temps plein.

C'est sur la base de cette attestation que la CPAM calcule le montant exact des IJSS à verser.

Conseil d'expert : Soyez extrêmement rigoureux et réactif dans la production de ces attestations. Tout retard pénalise directement le salarié qui attend le versement de ses indemnités.

4.2. Congés payés, primes et ancienneté

La période de TPT est considérée comme du temps de travail effectif pour le calcul des droits à congés payés, de l'ancienneté et des primes (sauf si leur calcul est strictement basé sur le temps de présence).

Conclusion : Une gestion rigoureuse pour un dispositif social essentiel

Le traitement en paie du mi-temps thérapeutique demande une attention particulière et une collaboration fluide entre les différents acteurs. Pour le gestionnaire de paie, la clé réside dans la compréhension fine du calcul de la rémunération et des IJSS, ainsi que dans la rigueur du déclaratif via la DSN. En maîtrisant ces aspects, l'entreprise assure non seulement sa conformité légale mais joue aussi pleinement son rôle social en accompagnant le retour à l'emploi de ses salariés fragilisés.

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Rose Yemeli

Experte paie depuis 14 ans, formatrice et créatrice de SmartDataPay.

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