Arrêt maladie : Traitement complet en paie (IJSS, maintien, subrogation)
Le guide ultime pour traiter un arrêt maladie en paie. Calcul des IJSS, maintien de salaire, subrogation... Avec exemples de bulletins.
La formule de calcul des IJSS brutes et nettes, les plafonds, le délai de carence... Avec des exemples chiffrés pour chaque situation.

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Lorsqu'un salarié se retrouve en arrêt de travail pour maladie, une question essentielle se pose : comment son revenu sera-t-il maintenu ? C'est ici qu'interviennent les Indemnités Journalières de la Sécurité Sociale (IJSS). Versées par l'Assurance Maladie, elles visent à compenser la perte de salaire. Cependant, leur calcul peut paraître complexe, mêlant diverses règles, plafonds et prélèvements.
Cet article a pour objectif de démystifier le calcul des IJSS. Nous aborderons pas à pas la formule, les plafonds à respecter, et la manière de passer du montant brut au montant net que vous percevrez réellement. Des exemples concrets viendront illustrer chaque étape pour une compréhension parfaite.
Avant de se lancer dans les calculs, il est primordial de vérifier que le salarié remplit les conditions d'éligibilité. Celles-ci dépendent de la durée de l'arrêt de travail. Pour un arrêt de moins de 6 mois, le salarié doit justifier avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois civils ou des 90 jours précédant l'arrêt, ou avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le SMIC horaire au cours des 6 mois civils précédant l'arrêt.
Le calcul de l'indemnité journalière brute se déroule en plusieurs étapes clés, en partant du salaire de référence du salarié.
La première étape consiste à calculer le Salaire Journalier de Base (SJB). La Sécurité Sociale se base sur la moyenne des salaires bruts des 3 mois précédant l'arrêt de travail. La formule est simple :
SJB = (Total des 3 derniers salaires mensuels bruts) / 91,25
Ce diviseur de 91,25 correspond au nombre de jours moyen sur une période de 3 mois (365 jours / 4 trimestres). Il s'agit d'une valeur fixe utilisée par l'Assurance Maladie pour standardiser le calcul.
Une fois le SJB obtenu, l'Assurance Maladie applique un taux de 50% pour déterminer le montant de l'indemnité journalière brute. La formule est donc :
IJSS brute = Salaire Journalier de Base × 50%
Un élément crucial du calcul est le plafonnement du salaire de référence. Le salaire pris en compte ne peut pas dépasser un certain montant, fixé à 1,4 fois le SMIC mensuel en vigueur. Cette règle a un impact direct sur le montant maximal de l'IJSS.
Selon les informations des sources officielles comme ameli.fr, le salaire est pris en compte dans la limite de 2 552,24 € bruts pour les arrêts débutant à compter de février 2026. Par conséquent, même si un salarié gagne bien plus, le calcul se basera sur ce montant plafonné, limitant de fait l'indemnité journalière brute à un maximum de 41,95 €.
Pour mieux comprendre, appliquons ces règles à travers deux scénarios concrets.
Imaginons un salarié ayant perçu 2 200 € brut par mois sur les 3 derniers mois.
Dans ce cas, le salaire étant inférieur au plafond, le calcul se fait sur la base du salaire réel.
Prenons maintenant un salarié avec un revenu supérieur au plafond.
L'indemnité journalière atteint ici son montant maximum en raison du plafonnement du salaire.
L'indemnité journalière brute n'est pas la somme que le salarié reçoit sur son compte. Comme un salaire, elle est soumise à des prélèvements sociaux qui permettent de calculer l'IJSS nette.
Deux contributions sociales sont prélevées sur le montant brut :
Le total des prélèvements s'élève donc à 6,7%. Reprenons notre premier exemple :
IJSS nette = 36,17 € - (36,17 € x 6,7%) = 36,17 € - 2,42 € = 33,75 €
C'est ce montant net qui sera effectivement versé au salarié pour chaque jour d'arrêt indemnisé.
Il est important de noter que les indemnités journalières sont considérées comme un revenu et sont donc soumises à l'impôt sur le revenu. Elles font l'objet du prélèvement à la source, appliqué par l'Assurance Maladie selon le taux transmis par l'administration fiscale. La seule exception concerne les arrêts liés à une Affection de Longue Durée (ALD), dont les IJSS sont exonérées d'impôt.
Sauf dispositions conventionnelles plus favorables ou cas particuliers, le versement des IJSS ne commence qu'après un délai de carence de 3 jours au début de chaque arrêt de travail. Cela signifie que les 3 premiers jours de l'arrêt ne sont pas indemnisés par la Sécurité Sociale.
Ce délai de carence ne s'applique pas si la reprise d'activité entre deux arrêts de travail ne dépasse pas 48 heures, ou pour les arrêts successifs liés à une même Affection de Longue Durée.
| Élément | Montant | Source / Référence |
|---|---|---|
| Plafond du salaire mensuel de référence | 2 552,24 € | 1,4 x SMIC mensuel (base fév. 2026) |
| Montant maximum de l'IJSS brute | 41,95 € | (2 552,24 € x 3 / 91,25) x 50% |
| Taux de CSG | 6,2% | Code de la sécurité sociale |
| Taux de CRDS | 0,5% | Code de la sécurité sociale |
| Délai de carence | 3 jours | Code de la sécurité sociale |
Le calcul des indemnités journalières, bien que réglementé, suit une logique claire. Il est essentiel de retenir les points suivants : le calcul se base sur les 3 derniers salaires bruts, il est limité par un plafond, et le montant brut est ensuite réduit des prélèvements sociaux (CSG/CRDS) pour obtenir le net. La connaissance de ces règles permet aux salariés de mieux anticiper leur revenu en cas d'arrêt maladie et aux gestionnaires de paie de sécuriser leurs calculs, notamment en cas de subrogation.
Pour toute situation particulière, il est recommandé de se référer aux sources officielles comme le site ameli.fr ou service-public.fr, qui fournissent des informations à jour sur les barèmes et réglementations.

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