Arrêt maladie : Traitement complet en paie (IJSS, maintien, subrogation)

Introduction : L'accident du travail, un enjeu majeur pour l'entreprise

L'accident du travail (AT) est un événement soudain et imprévu survenant par le fait ou à l'occasion du travail, causant une lésion corporelle. Au-delà de l'aspect humain, sa gestion en paie est un processus complexe qui requiert une grande rigueur. Une erreur peut avoir des conséquences financières importantes pour l'entreprise et le salarié. Cet article a pour vocation de vous guider pas à pas dans le traitement en paie d'un accident du travail, en vous fournissant des explications claires, des exemples concrets et les meilleures pratiques à adopter en 2026.

Section 1 : De la déclaration à la reconnaissance de l'accident du travail

La première étape, cruciale, est la gestion administrative de l'accident. Elle conditionne l'ensemble du processus d'indemnisation.

1.1. La déclaration par le salarié

Le salarié dispose de 24 heures (sauf cas de force majeure) pour informer son employeur de l'accident, en précisant les circonstances, le lieu et l'identité des éventuels témoins. Il doit ensuite faire constater ses lésions par un médecin qui établira un certificat médical initial.

1.2. La déclaration par l'employeur

Dès qu'il a connaissance de l'accident, l'employeur a l'obligation d'effectuer une Déclaration d'Accident du Travail (DAT) auprès de la Caisse Primaire d'Assurance Maladie (CPAM) dans les 48 heures ouvrées. Cette déclaration se fait aujourd'hui majoritairement via la DSN (Déclaration Sociale Nominative) ou le portail Net-Entreprises.

1.3. L'attestation de salaire

Parallèlement à la DAT, l'employeur doit établir une attestation de salaire. Ce document est indispensable à la CPAM pour calculer le montant des Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS) qui seront versées au salarié. Elle est également transmise via la DSN.

Section 2 : Le calcul des indemnités journalières (IJSS)

Pendant son arrêt, le salarié ne perçoit plus son salaire, mais des indemnités journalières versées par la Sécurité Sociale. Leur calcul est spécifique à l'accident du travail.

2.1. Le salaire journalier de référence

La base de calcul des IJSS est le salaire journalier de référence. Il est déterminé en prenant le montant du dernier salaire brut perçu avant l'arrêt, divisé par 30,42 (moyenne des jours dans un mois).

2.2. Le montant des IJSS

Le montant des IJSS évolue au fil de l'arrêt de travail. Contrairement à l'arrêt maladie, il n'y a aucun délai de carence en cas d'accident du travail. L'indemnisation débute dès le premier jour d'arrêt complet.

Période d'indemnisation	Taux de l'IJSS	Plafond journalier (2026)
Du 1er au 28ème jour d'arrêt	60% du salaire journalier de référence	240,49 €
À partir du 29ème jour d'arrêt	80% du salaire journalier de référence	320,65 €

Section 3 : Le complément de salaire par l'employeur

En plus des IJSS, le salarié peut bénéficier d'un complément de salaire versé par l'employeur, assurant un maintien total ou partiel de sa rémunération.

3.1. L'obligation légale

La loi de mensualisation impose à l'employeur de maintenir le salaire du salarié en arrêt pour accident du travail, sous certaines conditions :

• Avoir au moins un an d'ancienneté dans l'entreprise.
• Avoir transmis le certificat médical dans les 48h.
• Être pris en charge par la Sécurité Sociale.

Le maintien de salaire légal est versé après un délai de carence de 7 jours.

3.2. Le calcul du complément employeur

L'employeur verse un complément qui, ajouté aux IJSS, garantit au salarié un pourcentage de sa rémunération brute. Ce pourcentage et la durée de versement varient selon l'ancienneté.

Ancienneté	Indemnisation à 90%	Indemnisation à 66,66%
1 à 5 ans	30 jours	30 jours
6 à 10 ans	40 jours	40 jours
11 à 15 ans	50 jours	50 jours
16 à 20 ans	60 jours	60 jours

3.3. Les dispositions conventionnelles

Section 4 : Le traitement sur le bulletin de paie

La gestion de l'absence et des indemnisations doit apparaître clairement sur le bulletin de paie.

4.1. La subrogation

L'employeur peut choisir de pratiquer la subrogation. Cela signifie qu'il avance les IJSS au salarié et les perçoit ensuite directement de la CPAM. Cette pratique simplifie la gestion pour le salarié qui ne reçoit qu'un seul paiement. Pour l'employeur, cela nécessite une trésorerie suffisante.

4.2. L'affichage sur le bulletin

Le bulletin de paie doit faire apparaître distinctement :

• La retenue pour absence correspondant aux heures non travaillées.
• Le montant des IJSS brutes perçues (soumises à la CSG/CRDS).
• Le montant du complément employeur brut (soumis à cotisations sociales).

Exemple de bulletin simplifié (avec subrogation)

Salarié avec 2 ans d'ancienneté, salaire brut de 2500€, en arrêt AT du 1er au 31 mars 2026.

Libellé	Base	Taux	Gain	Retenue
Salaire de base	151,67h	16,48€	2500,00€
Absence accident du travail	151,67h	16,48€		2500,00€
Indemnités journalières (subrogation)			1972,60€
Complément employeur			277,40€

Section 5 : La fin de l'arrêt et le retour du salarié

La gestion de l'accident du travail ne s'arrête pas avec la fin de l'indemnisation. Le retour du salarié doit être préparé.

5.1. La visite de reprise

Pour tout arrêt de travail d'au moins 30 jours, une visite médicale de reprise auprès de la médecine du travail est obligatoire. Elle doit avoir lieu dans les 8 jours suivant le retour du salarié. C'est le médecin du travail qui se prononce sur l'aptitude du salarié à reprendre son poste.

5.2. Les conséquences sur le contrat de travail

Pendant l'arrêt pour accident du travail, le contrat de travail est suspendu. Le salarié est protégé contre le licenciement, sauf en cas de faute grave ou d'impossibilité de maintenir le contrat pour un motif non lié à l'accident.

Conclusion : Rigueur et anticipation, les clés d'une bonne gestion

Le traitement en paie de l'accident du travail est un parcours balisé mais exigeant. Il requiert une connaissance précise des règles légales et conventionnelles, ainsi qu'une communication fluide entre le salarié, l'employeur et la CPAM. Une gestion rigoureuse et anticipée permet non seulement de se conformer à ses obligations, mais aussi de sécuriser le parcours du salarié et de maîtriser les coûts pour l'entreprise. N'hésitez pas à vous appuyer sur des outils de paie fiables et à vous former régulièrement pour rester à jour sur ce sujet complexe et en constante évolution.