Maladie professionnelle : Reconnaissance et traitement en paie

Introduction : Qu'est-ce qu'une maladie professionnelle ?

La maladie professionnelle est une pathologie contractée par un salarié du fait de son exposition plus ou moins prolongée à un risque dans le cadre de son activité professionnelle. Contrairement à l'accident du travail, qui est un événement soudain et daté, la maladie professionnelle résulte souvent d'une exposition chronique. Sa reconnaissance ouvre droit à une prise en charge et une indemnisation spécifiques, avec des impacts directs sur la gestion de la paie et les obligations de l'employeur.

Cet article a pour but de démystifier le processus de reconnaissance et de détailler, étape par étape, le traitement en paie d'une maladie professionnelle, en intégrant les dernières mises à jour pour l'année 2026.

Section 1 : Le processus de reconnaissance de la maladie professionnelle

La reconnaissance d'une maladie comme étant d'origine professionnelle est une étape cruciale qui conditionne l'ensemble du traitement social et paie. Le processus est rigoureusement encadré.

1.1. Les deux systèmes de reconnaissance

Il existe deux voies principales pour faire reconnaître une maladie professionnelle :

1. Le système des tableaux de maladies professionnelles : C'est la voie la plus courante. Si la maladie est inscrite dans l'un des tableaux annexés au Code de la Sécurité sociale, elle est présumée d'origine professionnelle si trois conditions sont remplies : la pathologie est bien celle décrite, le salarié a été exposé au risque visé par le tableau, et la maladie est apparue dans un délai défini (délai de prise en charge).
2. Le système complémentaire (hors tableau) : Si une maladie ne remplit pas toutes les conditions d'un tableau ou n'y figure pas, elle peut être reconnue après avis d'un Comité Régional de Reconnaissance des Maladies Professionnelles (CRRMP). Il faudra alors prouver un lien direct et essentiel entre la maladie et le travail habituel du salarié.

Section 2 : Les indemnités journalières (IJ) spécifiques

Une fois la maladie professionnelle reconnue, le salarié en arrêt de travail perçoit des indemnités journalières (IJ) versées par la Sécurité sociale. Leur calcul est plus favorable que pour une maladie non professionnelle.

2.1. Calcul des Indemnités Journalières de la Sécurité Sociale (IJSS)

Les IJSS sont calculées sur la base du salaire journalier de référence, qui correspond au dernier salaire brut perçu avant l'arrêt, divisé par 30,42.

Le montant des IJSS évolue par palier :

• Du 1er au 28ème jour d'arrêt : 60% du SJR.
• À partir du 29ème jour d'arrêt : 80% du SJR.

Les IJSS sont plafonnées. Le gain journalier net ne peut dépasser un certain plafond (0,834% du Plafond Annuel de la Sécurité Sociale - PASS). Pour 2026, avec un PASS estimé à 46 368 €, le plafond journalier serait d'environ 386,71 € et l'IJ maximale d'environ 240,49 € (valeurs à confirmer par décret).

2.2. Le complément de salaire de l'employeur

L'employeur doit compléter les IJSS pour maintenir une partie du salaire, et ce, dès le premier jour d'arrêt, sans jour de carence. C'est une différence majeure avec la maladie simple.

Ancienneté du salarié	Durée d'indemnisation à 90%	Durée d'indemnisation à 66,66%
1 à 5 ans	30 jours	30 jours
6 à 10 ans	40 jours	40 jours
11 à 15 ans	50 jours	50 jours
16 à 20 ans	60 jours	60 jours

Note : Les conventions collectives peuvent prévoir des dispositions plus favorables.

Section 3 : Traitement en paie et impacts sur le bulletin

La gestion de l'absence pour maladie professionnelle a des spécificités qu'il faut retranscrire correctement sur le bulletin de paie.

3.1. Exemple de calcul du maintien de salaire

Prenons un salarié avec 2 ans d'ancienneté, un salaire brut de 2 500 €, en arrêt pour maladie professionnelle pendant 35 jours.

• Salaire journalier de référence (SJR) : 2 500 € / 30,42 = 82,18 €
• IJSS (1er au 28ème jour) : 60% * 82,18 € = 49,31 €/jour
• IJSS (29ème au 35ème jour) : 80% * 82,18 € = 65,74 €/jour

L'employeur doit maintenir 90% du brut pendant les 30 premiers jours. Le calcul du complément se fait en "brut abattu" (déduction des IJSS brutes).

3.2. Cotisations sociales

Les IJSS versées par la CPAM sont soumises à la CSG (6,2%) et à la CRDS (0,5%). Elles sont également soumises à l'impôt sur le revenu, sauf si la maladie professionnelle est une affection de longue durée (ALD).

Le complément de salaire versé par l'employeur reste un salaire et est donc soumis à l'ensemble des cotisations sociales habituelles.

Section 4 : La rente d'incapacité et le retour à l'emploi

À l'issue de la consolidation (stabilisation de l'état de santé), le salarié peut conserver des séquelles.

Si une incapacité permanente partielle (IPP) est constatée, le salarié peut percevoir :

• Un capital : si le taux d'IPP est inférieur à 10%.
• Une rente viagère : si le taux d'IPP est supérieur ou égal à 10%.

Cette rente n'est pas un salaire et n'apparaît pas sur le bulletin de paie. Elle est versée par la CPAM et est exonérée de CSG/CRDS et d'impôt sur le revenu.

Conclusion

Le traitement de la maladie professionnelle en paie est un exercice technique qui exige rigueur et connaissance des règles légales et conventionnelles. De la suppression du délai de carence au calcul du maintien de salaire, en passant par la gestion de la subrogation, chaque étape a son importance. Une gestion correcte est non seulement une obligation légale mais aussi un élément clé de la relation de confiance avec le salarié. La complexité du sujet justifie pleinement l'utilisation de logiciels de paie performants et une veille juridique constante pour rester à jour des évolutions, notamment celles du PASS et des plafonds d'indemnisation pour 2026.